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1 、綜合辦公室
(1)負責學院人事管理、印章管理、財務報銷、資産管理、公文收發、部門檔案管理、對外交流接待、工會活動等。
(2)編制研究生學院年度預算,劃撥研究生培養業務經費。
(3)負責研究生休學、複學、退學等工作,負責學籍、學曆、學位的注冊、上報等工作。
(4)負責研究生教育管理信息系統、學院網站的維護與管理。  
(5)協助學位點申報的組織工作;做好專業學位點的建設和檢查評估,對檢查評估提出意見和建議,負責組織實施並檢查執行情況。
(6)負責勤工人員管理與工資申報,導師津貼、學生獎助學金發放等工作。
(7)負責學院整體文化建設與宣傳稿件報送。
(8)完成領導交辦的其他工作。
2 、研究生培養辦公室
(1)負責做好學院年度工作計劃和總結。
(2)组织制订、审核、修改各领域专业学位硕士研究生的培養方案。  
(3)負責研究生培養教育管理規章制度的制定與修訂工作,編制《廈門理工學院研究生手冊》。
(4)开展毕业研究生培养和學位授予质量的调查、研究和总结工作,积极进行研究生教育和学位工作的科学研究与交流;负责编制研究生年度教育质量工作报告。  
(5)積極開展研究生培養教育改革創新工作,並進行相關調查和研究工作;組織研究生教育質量工程項目和創新計劃項目的申報、評審。
(6)負責研究生課程建設工作;組織二級學院開展研究生實踐教學基地建設。
(7)負責校內外碩士生導師的遴選、聘任、培訓和考核及其相關管理辦法的修訂與完善。
 (8)負責研究生招生初試和複試環節的命題、制卷、評卷等工作。
 (9)负责研究生日常教學管理,包括研究生课程的排课、网上选课、考试组织等工作。
(10)負責研究生教學質量檢查工作,以及研究生教學及指導工作量的審核工作。
(11)负责研究生学位论文的检测、评审、答辩、学位申请及學位授予。
(12)負責研究生優秀學位論文的推薦和評選、畢業證書及學位證書的制作、發放。
(13)完成領導交辦的其他工作。
3 、研究生工作辦公室
(1)組織編制和上報研究生招生分專業計劃、專業目錄、招生簡章。
(2)組織開展研究生招生宣傳、咨詢和招生培訓等工作,廣泛宣傳,吸引優秀生源。
(3)負責招生中考生報名、咨詢、複函、答疑等工作,以及准考證核發、複試、錄取及安全保密等工作。
(4) 负责组织招生考场考务工作,负责试题和答卷的回收、清点、整理工作。
(5)負責招生自主劃線並上報錄取名單;完成考生檔案調檔、政審工作。
(6)負責研究生學院黨務工作。
(7)負責研究生思想政治工作、安全教育、心理健康教育,指導研究生會、社團與研究生社會實踐活動、組織校際研究生交流合作。
(8)負責組織開展研究生新生入學教育。
(9)負責辦理研究生請假、處理各類違紀事件和突發事件。
(10)负责研究生獎助貸评审工作。
(11)負責研究生的宿舍安排、火車票磁條購買和充磁、學生證發放和注冊、e通卡、醫保、學費繳交、戶口遷移、婚育證明等日常管理工作。
(12)負責研究生畢業離校和就業指導工作、負責研究生檔案的整理、歸檔、轉遞。
(13)完成領導交辦的其他工作。